اعراب بسيار كه بر او جمع شده بودند برداشته به جانب سيّد محمّد برد و سيّد محمّد تا واسط ايشان را استقبال كرده در ميان ايشان جنگ درپيوست و سيّد محمّد غالب آمده همگى آن جماعت در جنگ او كشته شدند و احدى از ايشان به در نرفت . و اين واقعه در اواخر سال مذكور بود و سيّد محمّد در چهارشنبه هشتصد و هفتاد وفات يافت . مولى على در اواخر ايّام پدر بر او استيلا يافته ، زمام اختيار از دست او بيرون برده سرور آن قوم شد و ايشان را بر اين عقيده داشت كه روح مطهّر حضرت امير المؤمنين در او حلول كرده آن حضرت در حيات است و لهذا تاخت به عراق عرب برده مشاهد مقدّسه را غارت كرد . پس از سيّد محمّد ، سلطان محسن به جاى پدر به حكومت رسيد . در زمان سلطان محسن اكثر نواحى بغداد به تصرّف وى درآمد و امراى بختيارى و فيلى مطيف وى گرديدند . سلطان محسن فردى علم‌دوست بود چنان‌كه شمس الدّين محمّد استرابادى حاشيهء خود را بر تجريد به نام او نگاشته است . پس از سلطان محسن ، سيّد على و سيّد ايّوب به حكومت رسيدند . با ظهور شاه اسماعيل از قدرت مشعشعيان كاسته شد . شاه اسماعيل در نبرد با خاندان مشعشعيان آنان را مقهور و منكوب نمود و سيّد على و سيّد ايّوب به قتل رسيدند ( 914 ه . ق . ) و هويزه و شوشتر و ساير بلاد خوزستان و جنوب به تصرّف شاه اسماعيل درآمد . از اين تاريخ به بعد آل مشعشع تحت تابع حكومت مركزى قرار گرفتند و سيّد فلاح ، پسر سيّد محسن ، خود را مطيع و سرسپردهء دولت مركزى دانست و تحفه و هدايا به دربار صفوى فرستاد و در قبال آن حكومت هويزه به وى واگذار گرديد . پس از سيّد فلاح پسرش سيّد بدران و بعد از وى مولى سجاد ، پسر بدران ، حاكم هويزه شدند . ( مجالس المؤمنين ، ج 2 ، صص 395 - 402 ) پس از صفويان نيز مشعشيان تابع حكومت مركزى بودند . در دورهء نادر حكمرانى مشعشعيان منحصر به دروق بود كه زير نظر حاكم خوزستان بودند . ( نك : عالم‌آراى امينى ، صص 308 - 303 . براى اطلاع از سرنوشت مشعشعيان پس از صفويان نك : مشعشعيان ، ماهيّت فكرى - اجتماعى و فرايند تحوّلات تاريخى ، ص 353 به بعد . )